¿cómo cambiar los emojis del teclado estandar por los emojis de la app messenger?

No creo que eso se pueda, los emojis són códigos estandar, luego cada uno pone el dibujito más o menos simpático. Por lo general todos utilizan los del sistema, pero en caso de Messenger, según dices, utiliza uno propio.

De todas maneras, aunque se pudiera instalar, la persona que recibe el emoji vería el estándar, pues como digo se envía sólo el código de emoji, el dibujo corresponde al sistema.