Instalar sistema en SSD y aplicaciones en HDD

Hola.

Tengo un iMac con OS X El Capitan versión 10.11.6, 3`06GHz, 10GB de rama, al cual le acabo de sustituir el disco duro por un ssd de 60GB , sustituyendo el lector de dvd por el hdd, de 1TB del que ya disponía. La duda que tengo es la siguiente:

Es dejar el sed solo para el sistema operativo y dejar el hdd para el resto de aplicaciones. De ser posible que paso debería seguir para conseguirlo.