Hola!
Las aplicaciones siempre están en iCloud, aunque no compres espacio adicional. Cuando compras una app, te pertenece para siempre, y puedes volver a descargarla, eso si, con el mismo ID de Apple con el que la compraste o descargaste. Y siempre puedes desinstalarla, y si quieres volver a tenerla, cuando entras en la App Store, te aparecerá con la nube de iCloud para que la vuelvas a instalar.
Si tu dispositivo cuenta con iOS 11, muchas de ellas puedes desinstalarlas en vez de borrarlas, para que no pierdas los datos que contienen. El riesgo es que una de tus aplicaciones deje de estar disponible en la App Store. Entonces ya no podrás recuperarla, ni tampoco los datos. Para realizar esta acción tienes que desinstalar la app desde Ajustes-General-Almacenamiento del iPhone.
Si te refieres a las aplicaciones que vienen por defecto, algunas de ellas también las puedes desinstalarlas: calendario, notas, archivos, mail...
Basta con que pulses sobre una de ellas y cuando se empiecen a mover, verás el aspa que permite borrarlas. Las que no tienen el aspa, en principio, no las puedes borrar.
Un saludo