Tanto la copia de seguridad como la Fototeca se guardan en iCloud.
Si tuvieras activada Copia de seguridad de iCloud, pero no la Fototeca, las fotos estarían en la copia de seguridad.
Como la tienes activada, no se incluyen en la copia, lógicamente. Para no ocupar espacio innecesario duplicándolas.
Fototeca de iCloud - Soporte técnico de Apple
Cuando activas la Fototeca de iCloud, las fotos y los vídeos se cargan de forma automática en iCloud. No se duplican en la copia de seguridad de iCloud.
La copia de seguridad es para poder restaurar el dispositivo. Cuando tengas un nuevo iPhone, restauras desde la copia. Y cuando activas la Fototeca en el nuevo iPhone, se bajan todas las fotos.
Te mando estos enlaces por si alguna información te viene bien
¿De qué guarda copias de seguridad iCloud? - Soporte técnico de Apple
La copia de seguridad del iPhone, iPad y iPod touch solo incluye la información y las configuraciones almacenadas en el dispositivo. No incluye la información que ya está almacenada en iCloud, como Contactos, Calendarios, Favoritos, Mail, Notas, fotos compartidas, la Fototeca de iCloud, Mis Fotos en streaming, datos de Salud y los archivos que guardes en iCloud Drive.
Si pierdes o te roban el iPhone, iPad o iPod touch - META.TITLE
Un saludo Idigoras