Hola Danthonie!!
iCloud Drive es una sección de iCloud que sirve para guardar todo tipo de documentos, pero WhatsApp no guarda nada en iCloud Drive. WhatsApp guarda su copia de seguridad en iCloud.
¿Entiendo que te refieres a que entras en los Ajustes del iPhone, tu ID, iCloud, Copias de seguridad, la copia de seguridad de tu iPhone y intentas desactivar WhatsApp de ahí? Si no, danos más detalles de lo que haces o quieres hacer, a ver si te podemos ayudar.
Saludos!!