Hola ALEXXANDER!!
Seguro que encuentras en la App Store alguna app para borrar contactos duplicados. Yo no las utilizo, ya que no las necesito, y no te puedo aconsejar de alguna en concreto, pero las hay.
Otra opción es comprobar las cuentas de correo que tienes configuradas en el iPhone y saber cuales están sincronizando sus contactos respectivos. Lo verás en los Ajustes del iPhone, Correo, Cuentas. Entra en cada una de ellas, excepto en la de iCloud que te explico después, y comprueba qué cuentas sincronizan contactos en tu iPhone, por si quieres desactivar alguna que no sea necesaria. Después ve a la app Contactos del iPhone y comprueba si ha desaparecido algún contacto de los duplicados. También, en la app contactos del iPhone, pulsa en Grupos, de arriba a la izquierda y verás las cuentas que sincronizan contactos. Pulsa de momento en Ocultar todos, activa sólo una de las cuentas, que no sea iCloud, y pulsa en Ok. Entonces verás sólo los contactos sincronizados de esa cuenta en concreto. Repite los mismos pasos de Ocultar todos y seleccionar sólo una cuenta para saber en qué cuenta están todos esos contactos repetidos. Cuando localices la cuenta o cuentas que tienen tantos contactos repetidos, ve a la web de esa cuanta de correo y desde ahí podrás borras tantos contactos a la vez como desees. Así será mucho más rápido limpiar los contactos repetidos del iPhone.
Si observas que los contactos repetidos están en tu cuenta de iCloud, ve a la web de icloud.com y desde ahí, en la sección Contactos, podrás seleccionar tantos contactos como quieras para eliminarlos de un plumazo. Para seleccionar varios contactos a la vez, mantén pulsada la tecla CTRL del teclado del ordenador y con el ratón ves haciendo click sobre los contactos que quieras borrar de la lista de contactos de la izquierda. Después, pulsas en el icono de la rueda dentada, de abajo a la izquierda, y selecciona Borrar.
Ya nos contarás que tal te ha ido.
Saludos!!