Ok. Todo lo que tengas activado desde los Ajustes del iPhone, tu ID, iCloud, no se incluye en la copia de seguridad porque ya se está guardando en su propia sección de iCloud.
Revisa qué sincronizas con iCloud desde el iPhone, desde los Ajustes, tu ID, iCloud. Todo lo que ahí haya activado se está sincronizando en iCloud de forma automática.
Revisa el almacenamiento del iPhone desde los Ajustes del iPhone, General, Almacenamiento del iPhone.
Y revisa el almacenamiento de iCloud desde los Ajsutes del iPhone, tu ID, iCloud, arriba del todo.
A ver qué valores tienes.
Prueba y nos cuentas.
Saludos!!