Hola monika114,
Gracias por visitar las Comunidades de soporte de Apple en español.
El error que describes puede estar ocurriendo si existe un problema con la sincronización de las carpetas de la cuenta de correo electrónico configurada en el dispositivo. Si el mensaje se ha borrado, puede ser que en el servidor se haya borrado pero no completamente en tu equipo.
Puedes desactivar la cuenta con el problema, reiniciar el dispositivo:
Configuración > Contraseñas y cuentas > Seleccionar la cuenta > Correos > Apaga y prende la cuenta afectada.
Te invito a que compartas tus resultados con nosotros, al igual de cualquier otra duda que tengas.
Un saludo cordial.