Hola almudena160,
Gracias por visitar las Comunidades de soporte de Apple en español.
Te comento que todo depende si el desarrollador de cada una de las apps de terceros que mencionas han diseñado la app para que pueda ser usada por el Apple Pencil.
Es muy seguro que ya que la mayoría de las apps diseñadas para iPad, tengan la función del Apple Pencil, aunque te invitamos a que contactes a cada uno de los desarrolladores de esos apps para que veas el uso de cada uno con el Apple Pencil.
También puedes ver como el Apple Pencil trabaja en los modelos de iPads compatibles:
Usar Apple Pencil con tu iPad o iPad Pro
Te invito a que compartas tus resultados con nosotros, al igual de cualquier otra duda que tengas.
Un saludo cordial.