Apple Pencil y protector de vidrio

Resulta que llevo un año con el iPad de tercera generación y más o menos igual tiempo con un cristal templado bastante caro. Uso bastante el Apple Pencil para mi trabajo pero noto en bastante ocasiones que al subrayar una frase el propio color del subrayado se sube y no queda allí donde quise realizar el subrayado. La pregunta es¿es posible que el Apple Pencil no sea efectivo con un protector de vidrio templando?