Digamos que en APFS, a diferencia de otros sistemas de archivos, tiene mas niveles de división.
Un esquema simplificado podría ser: Disco duro > Particiones > Contenedores > Volúmenes > Carpetas > Archivos
Por defecto se crea un contenedor con dos Volúmenes:
- Macintosh HD
- Macintosh HD - Datos
Son lo mismo, es todo el contenido de tu disco duro (HD), la diferencia es que el primero contiene el macOS y el segundo contiene el resto de archivos y carpetas, el espacio libre se comparte entre todos los volúmenes del contenedor.
Como usuario en Finder sólo verás "Macintosh HD", los Volúmenes son invisibles.
No tiene lógica que borres algo de "Macintosh HD" y que siga en Macintosh HD - Datos, aunque si crees que tu disco tiene alguna incoherencia lo mejor es repararlo con primera ayuda desde recuperación.
Liberar espacio en Mac