Hola nerea201,
Gracias por participar en las Comunidades de soporte de Apple en español.
Lo que describes es comportamiento normal cuando usas el mismo Apple ID en varios dispositivos. Lo que puedes hacer es administrar los contactos que quieras ver en cada dispositivo. En uno de los iPhone ve a Configuración > Contactos y puedes añadir o eliminar las cuentas de contactos que no quieras ver. Igualmente puedes mostrar u ocultar un grupo de contactos pulsadnos Grupos en la app Contactos.
Usar otras cuentas de contacto en el iPhone
Ten en cuenta que si usas iCloud Drive, el historial de llamadas se actualiza en todos tus dispositivos.
Ver y eliminar el historial de llamadas en el iPhone
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Un saludo cordial.