Archivos que se duplican y desaparecen

Hola, alguien podría ayudarme por favor.

Ya varias veces me ha pasado que cuando hablo pdf's , ya sea desde el iCloud o desde el almacenamiento del mismo iPad, se desaparecen algunos archivos. O sea, por ejemplo si tengo dos archivos, digamos el archivo #1 y #2, el archivo #2 se convierte en una copia del #1 y el que era originalmente el #2 se desaparece, y al final me quedo con dos copias del archivo #1. He perdido de esta forma archivos importantes y no sé cómo recuperarlos ya que prácticamente desaparecen, no están en "eliminados" tampoco.