Hola y gracias por acudir a nuestra comunidad de Apple en español 👋!
Quiero aprovechar para agradecerte que hayas acudido a nuestra comunidad para intentar encontrar una solución lo más satisfactoria posible a tu incidencia. Voy a poner todo mi empeño en intentar ayudar lo máximo posible.
Imagino que cuando dices que hay archivos que ya no están en tu mac te refieres a que o los tienes en iCloud Drive o Dropbox, OneDrive, Google Drive, o bien que has activado en iCloud que tu carpeta de inicio se mueva a iCloud. Time Machine guarda una copia de lo que haya físicamente en tu ordenador, tiene su lógica, imagina que el mac esta conectado a un NAS o disco externo y la copia podría ser gigantesca (aunque puedes decir qué carpetas o unidades se omitan del Time Machine). Ahora bien, iCloud es un servicio de sincronización y copia de seguridad pensado para poder tener tus dispositivos de Apple con la misma información. Y muchas aplicaciones de terceros la usan para así entre comillas poder tener sus datos en los servidores de Apple y no en los suyos. iCloud te permite hacer copia de seguridad de dispositivos móviles (iPhone y iPad) pero no del Mac. El Mac te permite hacer copia de seguridad de los dispositivos móviles (iPhone y iPad, antiguamente con iTunes y recientemente desde Finder). Si el backup de tu iPhone lo incluyes en tu ordenador, éste se agregará a tu Time Machine, pero no hay una opción de Fusionar ambos backups en uno solo. Yo lo que haría es descargarme de iCloud a una carpeta todo lo que necesites y la incluyas en tu mac y así estará en tu Time machine. Por ejemplo, WhatsApp usa iCloud, pero iCloud no tiene acceso a los datos de esa app, porque es de un tercero, me sigues? Solo restaurando WhatsApp podrías acceder porque la aplicación permite el acceso a sus datos en iCloud y restaurar su Backup. A menos que se restaure un backup del dispositivo móvil completo, porque descargar un clon del dispositivo tal y como estaba en su momento y aún así sincronizará luego con iCloud para descargar los nuevos mensajes. Ufff espero no haberte liado y que veas más o menos como funciona. iCloud está diseñado para sincronizar los dispositivos, y Time Machine para hacer una copia de seguridad de tu Mac.
Espero haberte sido útil y que me cuentas que tal te ha ido la experiencia 👍!