Hola VictorOr96,
Gracias por visitar las Comunidades de soporte de Apple en español.
Lo que está sucediendo con tus iPhone y tus fotos es un comportamiento esperado ya que cuando la sincronización estaba encendida, las fotos de ambos dispositivos se guardaron en iCloud. Al apagar fotos en iCloud, todas las fotos que están almacenadas en iCloud, serán removidas de tu dispositivo.
Si no quieres que tus dispositivos compartan información, te sugiero cerrar sección en uno de los dos iPhone y crear una cuenta de iCloud nueva para uno de ellos. De esta forma, podrás mantener la información de ambos dispositivos guardada en iCloud sin que se mezcle.
En esta situación, te recomiendo visitar el enlace siguiente. Este enlace contiene informacion y pasos que te ayudaran a crear otro Apple ID:
Cómo crear un Apple ID nuevo
Déjanos saber si tienes alguna duda. Será un placer ayudarte.
Un saludo cordial.