¡Hola ferhzyp!
Con "Fotos en iCloud" activado las fotos no se incluyen en ninguna copia de seguridad porque ya se están guardando en su propia sección de iCloud.
Si en algunas fotos aparecía un signo de exclamación, es posible que no las puedas recuperar, ya que el sistema las ha borrado por falta de espacio. El sistema suele borrar fotos más antiguas para dejar espacio a nuevas fotos.
En tu caso, quizás te puedan ayudar en el soporte técnico de Apple. Desde este enlace puedes hablar con ellos: Contactar con el Soporte técnico de Apple. Escoge tu región en la zona inferior de la página. Aquí: Ponerse en contacto con Apple, están los teléfonos del soporte técnico de Apple en todo el mundo. Puedes llamar al más cercano a tu región. Es posible que se apliquen cargos si llamas a alguno de los teléfonos de fuera de tu país o región. Y también puedes iniciar una solicitud de soporte técnico en línea: Opciones de soporte técnico en línea - Soporte técnico de Apple
Ya nos contarás que tal te ha ido.
¡Saludos!