Bonjour myriam232, la sauvegarde d'un appareil sur iCloud n'a aucune action sur les contacts présents sur l'iPhone et ne proposera jamais de message pour fusionner les contacts.
Vous avez certainement modifié un autre réglage et je pense à l'option Contacts du réglages iCloud de votre iPhone.
Lorsque l'on active l'option Contacts du réglages iCloud d'un iPhone, l'iPhone affiche Fusionner ou Annuler.
Avec votre ordinateur connectez vous la page internet iCloud.com, cliquez sur contacts et voyez si les contacts sur iCloud.com sont identiques aux contacts de votre iPhone.
Vérifiez aussi cela, sur l'iPhone ouvrez l'App Contacts, Si Groupe s'affiche en haut touchez Groupe et choisissez Afficher tous les contacts, certains de vos contacts peuvent provenir d'un compte Mail paramétré sur l'iPhone, en choisissant Afficher tous les contacts l'iPhone affiche les contacts iCloud et les contacts des comptes mails.
Si votre iPhone SE est en IOS 10, mettez le à jour, cela peut éventuellement régler le problème.
Titicool