Salut erick96,
Je comprends bien ton problème. En fait t'aimerais choisir précisément le/les dossier(s) à synchroniser sur iCloud.
Après quelques recherches, je n'ai pas trouvé comment dissocier les deux.
Sur les fiches officielles Apple on peut trouver des explications sur l'activation de la synchronisation des deux dossiers, mais pas séparément.
En revanche si jamais tu n'actives pas Bureau et documents mais uniquement iCloud Drive sur le Mac, tu devrais voir dans le Finder une icône iCloud Drive dans la barre latérale et si tu déplaces les fichiers dans cette partie-là, ils seront synchronisés. Comme cela, tu n'as que ce que tu souhaites sur tous tes appareils. Tu vas avoir plus d'informations ici.
Dis-moi si ça te va comme solution!
Ciao!