Je ne suis pas sûr de bien comprendre votre configuration.
Qu'entendez-vous par le flux de photos et les photos iCloud ? Pour moi c'est la même chose.
Pour pouvoir voir les photos prisent avec votre iPhone directement sur vos iPad vous devez aller dans Réglages > Photos et activer Photos iCloud sur les 3 appareils (l'iPhone et les 2 iPad). De cette manière, toutes les photos prisent avec l'iPhone apparaitrons automatiquement sur les iPad.
Pour répondre à vos questions, si vous désactivez le flux de photo vous verrez apparaitre un message vous invitant à télécharger les photos originales sur votre appareil. Si vous en avez beaucoup cela peut être long et vous risquez de ne pas avoir assez de place pour tout télécharger. Pour quelle raison souhaitez-vous le désactiver ?
Pour ce qui est de la reconnaissance des doublons, je ne suis pas sûr à 100% mais je ne pense pas qu'iCloud les reconnaisses.
Enfin, les vidéos et photos live sont parfaitement gérées sur iCloud.