Boa noite Huankaio,
Provavelmente essas fotos que você tinha eram sincronizadas pelo iTunes e pode ter acontecido de elas terem sido dessincronizadas quando você aplicou o iCloud novamente e selecionou a opção de ativar a Fototeca do iCloud. Se foi isso que aconteceu, somente sincronizando novamente as fotos através do iTunes para manter elas no seu iPhone. Lembrando que quando você sincroniza fotos de outros locais, as fotos não pertencem ao seu iPhone, elas estão lá apenas no modo de visualização. Não é permitido compartilhar para outros computadores usando seu iPhone como fonte. Você deve manter os arquivos originais na fonte de onde você sincronizou, caso contrário, as fotos estarão perdidas, já que o iPhone não serve como meio de compartilhamento de arquivos. Essa informação também serve para as músicas sincronizadas e demais arquivos sincronizados pelo iTunes.
Espero ter ajudado!
Atenciosamente,
Felipe Lapolli