Olá!
O melhor caminho para resolver falta de espaço é gerenciando espaço. Redefinindo você pode ter interrompido tarefas pendentes que poderiam incluir o backup do WhatsApp (o backup do WhatsApp é configurado no próprio aplicativo e tem que estar ativo).
É importante que esteja usando a mesma ID Apple para se certificar que esteja tentando recuperar da conta correta.
Verifique em ajustes/geral/armazenamento do iCloud e veja se existe algum backup do WhatsApp. Se aparece talvez instalando novamente ele possa aparecer.
Att,