Olá!
Isto provavelmente ocorre porque em algum momento você sincronizou as fotos com o iCloud com a opção 'otimizar espaço'. Isso faz com que o aparelho envie as originais para o iCloud e mantenha somente miniaturas no aparelho.
Você deve mudar essa configuração para 'transferir e manter as originais' para que finalmente apareçam todas.
Caso o iCloud esteja cheio você deverá baixar manualmente pelo navegador acessando www.icloud.com.
Abraço!