Olá,
Tente seguir as etapas do seguinte link: Obter ajuda com Touch ID no iPhone ou iPad - Suporte da Apple
Se não resolver, indico que tente restaurar o aparelho pelo itunes em um computador também: Restaurar o iPhone, iPad ou iPod para os ajustes de fábrica - Suporte da Apple
E se ainda assim a situação persistir, indico que encaminhe o aparelho para reparo.
Att.