Provavelmente as outras 3000 fotos estão salvas no iCloud, por isso elas não aparecem no PC.
Entre no site do iCloud pelo computador usando sua conta: https://www.icloud.com
Lá no site tem a parte de Fotos, entrando lá, veja se o resto das fotos aparecem.
Se quiser, pode deletar as fotos pelo próprio site do iCloud, que elas somem no iPhone também.
Se preferir que todas as fotos apareçam nas pastas do computador quando conectar com o cabo, tem que ir pelo iPhone em Ajustes > Fotos e Câmera e desligar a Fototeca do iCloud, o iPhone vai precisar de espaço pra baixar as fotos.