Consigo bloquear o telefone e continuar rastreando?

Pode sim! Acessando o Buscar iPhone pelo aplicativo ou pelo site do iCloud, você pode ativar o "Modo Perdido", o recurso de rastreamento continua funcionando.

Existe a opção de "Apagar iPhone", se escolher esta o iPhone irá formatar remotamente, mas esta sim remove a localização também, então tome cuidado!