Apple Music deletou minhas música do HD

Olá. Fui usar o Apple Music pela primeira vez e quando o iTunes pediu para fundir minhas biblioteca com o iCloud Music Library, somente algumas das minhas músicas que estavam no meu HD foram convertidas para AAC. Acredito que tenham sido as que constavam no catálogo da Apple. As outras simplesmente foram apagas do meu HD. Por sorte eu tinha um back up e recuperei.

Alguém já passou por isso e sabe como proceder para não perder as músicas do HD no processo de transferir para o iCloud Music Library? Obrigado.