Olá!
Isso é porque o iPhone está tentando iniciar, mas como não tem energia suficiente ele acaba desligando, e isso vira um loop até que ele carregue para ter a energia necessária.
O ideal é nunca deixar ele descarregar por completo. Mas se acontecer, coloque-o para carregar na tomada (de preferência com um carregador original) e aguarde alguns minutos. Ao atingir a quantidade de carga necessária para funcionar, o próprio aparelho ligará sozinho.
Abraços!