Oi Boa Tarde!
Isso Pode ser um problema especifico do app, pois se você realiza os backups do aparelho pelo icloud normalmente, as informaçoes são salvas corretamente. Se todos os outros apps está funcionando corretamente e somente o whats, entre em contato com o suporte do app e peça ajuda.
uma outra coisa que veio a mente, as suas conversas não voltaram pq elas não estao arquivadas do icloud drive ( que dentro desse cenario, você conseguiria recuperar suas conversas) você precisa puxar o backup do icloud para recuperar suas informações iCloud: Restaurar ou configurar seu dispositivo iOS no iCloud