Olá, tudo bem?
Você pode desativar a fototeca em Ajustes> Seu nome> iCloud> Fotos> Fotos do iCloud.
Desativando essa opção, novas fotos não serão salvas no iCloud e o que você deletar no iPhone, não deletará no iCloud.
Eu pessoalmente recomendo o seguinte:
Baixando as fotos no PC, é como se você tivesse um segundo backup, voce baixa no computador e pode apagar as fotos do iCloud que elas não serão apagadas do PC.
Caso você não queira usar o iCloud para Windows, você pode fazer manualmente através do gerenciador de arquivos do Windows.
Espero que isso seja útil de alguma forma.
Um abraço.
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