O iCloud é uma ferramenta de sincronização e armazenamento, mas não exatamente uma ferramenta de backup.
Ao apagar as imagens do aplicativo Fotos do iPhone, o mesmo fez a sincronização com o iCloud, deletando as imagens lá também, e por consequência em seu Mac/PC que também estavam sincronizados.
Se você apenas deletou as fotos sem limpar a pasta Apagados do app Fotos, por 30 dias elas permanecem lá. Você pode ir até esta pasta e restaurar as imagens que deseja. Se já passou dos 30 dias, as fotos foram apagadas definitivamente.
Se você tem um backup do iPhone anterior ao apagamento das fotos, pode fazer o seguinte.
Cria um novo backup da situação atual do iPhone
Restaure o backup antigo para o iPhone
Localize as imagens que deseja e salve-as no seu computador.
Restaure novamente o iPhone para o seu backup mais atual
Adicione as fotos salvas no computador novamente ao iCloud
Assim terá novamente as imagens que deseja.