Sim, mas não confundir as coisas.
Aplicativos Apple até fazem a gestão dos dados no iCloud e otimizam espaços nos dispositivos, mas você precisa configurá-los para isto, pois eles também tem a opção de manter dados no dispositivo.
Aplicativos de terceiros sempre manterão seus dados no dispositivo, podendo fazer backup no iCloud caso tenham esta função. O backup não é um drive com arquivos modificáveis apelo usuário, é unicamente um backup do próprio app, que deve ser mantido atualizado e pode ser utilizado para recuperação em caso de formatação dos dispositivos.
O backup do iOS feito no iCloud não salva estes dados, somente o backup local, feito no Finder/iTunes em um Mac/PC, é que terá 100% dos dados de um aparelho.