O formato que é baixado é o que a Apple armazena em seus servidores. Desconheço a possibilidade de escolher a forma de download, mas depois de baixado há solução.
Não sei como é para as faixas em formato MP4, mas as músicas em formato AAC (m4a) compradas na iTunes Store não possuem DRM e você pode converter pelo próprio iTunes para o formato que lhe interesse. Inclusive desconhecia haver formato MP4 lá, para mim eram apenas AAC.
Converta formatos de arquivos musicais no iTunes no PC - Suporte da Apple (BR)
iTunes Plus - Suporte da Apple (BR)
Tente fazer a conversão de músicas MP4 da mesma forma para ver se funciona. Nos avise do resultado, por favor.