Ah sim... você não deve apagar os dados dele manualmente enquanto ainda estiver com o iCloud ativo, pois o iCloud funciona também como um serviço de sincronização, não apenas backup, ou seja, todos os dispositivos conectados ao mesmo ID irão compartilhar as informações de um iCloud, bem como irão sincronizar as atividades entre si, quero dizer, se você criar, modificar ou apagar qualquer conteúdo em um deles, a ação será feita também nos outros, exceto com dados salvos localmente dentro de aplicativos.
Isto posto, o artigo lhe orienta justamente a fazer o procedimento de retornar o aparelho às configurações de fábrica sem a perda dos dados que estão sincronizados no seu ID, ou seja, ele irá desconectar do seu iCloud e apagar os dados somente no aparelho.
Certifique-se de que todos os dados que tem em um aparelho estão sincronizados e presentes no outro, e sempre tenha um backup recente no computador, que é o mais completo e contém todos os dados do aparelho (entenda as diferenças entre os backups aqui Métodos de backup para iPhone, iPad e iPod touch - Suporte da Apple (BR))