Pasta desapareceu quando fiz cópia de segurança no iPhone

Quando você faz um backup, ele não inclui as pasta pois elas ficam na sincronia do iCloud, veja se a opção "iCloud Drive" nos Ajustes > Nome > iCloud > iCloud Drive > Sincronizar este iPhone está ativada.

Se estiver desativado, é por isso que não está sincronizando os dados.

Se estiver ativado e no site https://www.icloud.com/ as informações dos arquivos não estiverem lá, tente seguir o artigo Recupere arquivos apagados no iCloud.com - Suporte da Apple (BR)