Se um vírus estiver no iPhone, ele também vai ao iCloud?

Não, iCloud é totalmente diferente, para ter acesso ao iCloud, é necessário acesso ao email que você usa na Apple, a senha do ID Apple e o acesso ao seu número de telefone ou outros dispositivos que você tenha logado nessa conta para passar pela autenticação de dois fatores.

Se alguém tiver como ter acesso a esses 3 dados, ai sim vão ter acesso ao seu iCloud.

Sem contar o fato de que para ter um vírus em seu iPhone, seria necessário que você tivesse instalado um app malicioso fora da App Store e dado permissões a ele, pois todos os apps que estão na loja da Apple, são revisados antes de serem disponibilizados ao público.