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Parece que o problema pode estar relacionado ao software ou até à lente da câmera. Às vezes, uma atualização pode afetar a qualidade das fotos, mas o fato de a imagem ficar granulada como em ambientes escuros pode indicar que o sistema está tendo dificuldades para capturar luz corretamente, talvez devido a algum ajuste automático do iPhone.
Como você já tentou atualizar o iOS e fazer ajustes manuais, algumas outras coisas que você pode tentar incluem: garantir que a lente da câmera esteja limpa e sem obstruções, testar a câmera em diferentes condições de luz (para ver se o problema persiste em ambientes bem iluminados), e até restaurar o iPhone como novo, se for uma falha de software.
Se o problema continuar, é possível que a lente ou algum componente da câmera tenha falhado e precise de reparo. Já tentou testar a câmera em diferentes modos (foto, retrato, noite, etc.) para ver se há alguma diferença?