...yep, auch bei mir ist das nach wie vor so (USB-Gehäuse von Icy Box). Im US-Forum meint jemand, dass nicht alle externen USB-Gehäuse betroffen seien; demnach soll es mit SSDs in Gehäusen von LaCie, Angelbird und den MyPassport-SSDs wohl keine Probleme geben.
Außerdem kann man wie gesagt (siehe meinen letzten Post) mit den Gehäusen von Delock und Aikitio auf Thunderbird ausweichen, die sind aber für reine Gehäuse sehr teuer (Delock 42510 kostet ca. 100 €) und es kommt auch noch ein Thunderbird-Kabel dazu (bei Apple um die 30-40 €).
Nachdem sich mit 10.14.1 wieder nichts geändert hat, bin ich mir jedoch nicht mehr sicher, ob Apple diesen Fehler überhaupt noch fixen wird. Er besteht ja schon, seit mit High Sierra APFS eingeführt wurde - nur, dass externe SSDs damals nicht automatisch auf APFS umgestellt wurden (mussten). Würde Apple an einer Lösung dieses Problems interessiert sein, hätten sie innerhalb eines Jahres sicherlich einen Fix veröffentlicht.
Also entweder weiter mit der Boot-Verzögerung leben oder in den sauren Apfel beißen und 140 € ausgeben. Eine Rück-Umstellung auf HFS+ geht zwar mit dem Konverter von Paragon sogar gratis und läuft anschließend unter Mojave wohl momentan auch, wird aber von Apple nicht supportet, wer weiß, was das auf lange Sicht für Fallstricke birgt.