...so, beantworte mir mal meine Frage jetzt selbst.
Nach einigem Querlesen (u.a. im USA-Apple-Forum) scheint es derzeit nur eine einzige Lösung für das Problem zu geben: Die SSD aus dem USB-Gehäuse nehmen und in ein externes Thunderbolt-Gehäuse einbauen, z.B. in das Delock 42510. Damit sind die Bootzeiten (bzw. die Zeit zwischen Start-Sound und Erscheinen des Apple-Logos) dann wieder normal. Ist natürlich nur Thunderbolt 1, allerdings reichen die theoretischen 10 GBit/s wohl für alle SATA-SSDs aus, USB 3.1 Gen. 2 ist auch nicht schneller. Delock selbst spricht von 6 GBit/s beim 42510, was immer noch mehr als genug sein dürfte (meine Samsung 850 EVO kam in meinem USB-3-Gehäuse sowieso nie über 420 MBit/s read/write, was mir aber auch reicht). Die iMacs bis late 2015 haben ja auch nur USB-3-Ports, USB 3.1 hat m.W. erst der aktuelle iMac und natürlich der iMac Pro.
Nachteil ist natürlich der Preis: das Delock-Gehäuse kostet ca. 100 €, außerdem braucht man dann auch noch ein Thunderbolt-Kabel (wird nicht mitgeliefert), was bei Apple weitere 35 € (0,5m) kostet. Weiterer unschöner Nachteil: das Delock-Gehäuse benötigt ein externes Netzteil (das wird allerdings mitgeliefert). Alles nicht gerade toll.
Das Problem liegt wohl im Zusammenspiel von APFS mit dem USB-Bootloader begraben - und das bereits seit High Sierra. Ist schon ein Hammer, dass Apple das auch mit Erscheinen von Mojave nicht in den Griff bekommen hat.
Eventuelle Alternative: Warten auf macOS Mojave 10.14.1. Ein User (habe allerdings auch nur den einen gefunden) berichtete, dass sich dadurch die Situation verbessert habe; das ist allerdings komplett unbestätigt und kann auch eine Ente sein.
Tja, so sieht's im Moment wohl aus.
Grüße