Fast 2 1/2 Jahre später ist meine Frage leider immer noch aktuell und meine Recherche-Ergebnisse unverändert.
Bei Outline funktioniert in der Zwischenzeit zwar der WebDAV Sync in Kombination mit einer Nextcloud, aber die "Seitenformat-basierende Notizen-App" ist für eine übergreifende Nutzung von iPhone und iPad Notizen sehr unergonomisch. Auf dem iPhone und iPads im Hochformat muss man iPad Notizen die im Querformat erstellt wurden immer scrollen, da der Text nicht basierend auf der Bildschirmgröße umgebrochen wird.
Notability ist mit seiner Auto-Backup-Funktion über WebDAV immerhin fähig ein permanentes Backup der eigenen Notizen eines Gerätes zu erstellen, aber ein Geräteübertreifendes Arbeiten funktioniert nur mit iCloud.
Goodnotes kann Sync ebenfalls nur über iCloud und Auto-Backups nur auf Dropbox, Google Drive und OneDrive.
NotesWriter Pro hat zwar in seinen Werbebildchen des AppStore stehen, dass ein Sync über WebDAV funktionieren sollte, in der Realität kann man aber über WebDAV anscheinend nur einzelne Dateien laden und exportieren. Gemeinsame Nutzung ist wieder nur über iCloud möglich.
Ehrlich gesagt verstehe ich nicht, warum kein Hersteller eine Syncfunktion über einen eigenen, privaten Cloudserver implementiert. Alleine schon im Firmenumfeld kenne ich eine Vielzahl an Firmen, die aufgrund des fehlenden Rechtsschutzes europäischer Personen nach amerikanischen Gesetzen und der daraus resultierenden Inkompatibilität von amerikanischen Cloud-Diensten mit der europäischen Datenschutzgrundverordnung (DSGVO) nach einer solchen Alternativen Notiz-Lösung für Apples Notizen App suchen. Da muss doch ein Markt für solche Lösungen sein, die die Hersteller von Goodnotes, Notability und anderer Notiz-App-Lösungen eigentlich erschließen müssten.
Ich hoffe und suche weiter.