In der Dateien App gibt es ein ähnliches Problem auch mit Tags und mit Dateien, die nicht aus „Zuletzt gelöscht“ entfernt werden können. Versuche mal folgendes:
1) in der Dateien-App mit „Bearbeiten“ alle Clouddienste und auch „mein iPhone/iPad“ deaktivieren. Jetzt siehst du in Speicherorte nur noch „Zuletzt gelöscht“. Tippe darauf, der Ordner wird aktualisiert.
2) Jetzt schalte nur „mein iPhone/iPad“ wieder ein, die Favoriten sind wieder sichtbar, wenn du welche aus diesem Bereich hattest. Versuche jetzt sie zu löschen, schaue, ob sie wieder da sind. Sie sollten jetzt dauerhaft gelöscht sein.
3) Mit den Clouddiensten verfährst du genau gleich: eigenes Gerät wieder ausschalten und nur einen Clouddienst einschalten und die zugehörigen Favoriten löschen.
4) Am Schluss alles wieder einschalten.
Im Übrigen funktioniert diese Vorgehensweise auch wenn Dateien nicht in „Zuletzt gelöscht“ angezeigt werden, obwohl welche vorhanden sein müssten.
Viel Glück!