Am sichersten ist es, wenn du zunächst ein aktuelles, vollständiges backup mit Time Machine machst, bevor du irgend etwas an ICloud änderst.
Dann lege in deinem Benutzerordner zwei neue Ordner an - SchreibtischLokal und DokumenteLokal. Ziehe nach und nach alles vom Schreibtisch in den Ordner SchreibtischLokal. Dann alles von Dokumente in den Ordner DokumenteLokal. Wenn dein Schreibtisch und die Dokumente in iCloud leer sind, kannst du beruhigt Schreibtisch und Dokumente in iCloud abstellen. Dieses Vorgehen macht so ziemlich dasselbe, was die automatische Methode macht, hat aber den Vorteil, dass du selbst alle Dateien gerettet hast, bevor du Schreibtisch und Dokumente in iCloud abstellst.
Wenn du iCloud Drive komplett abstellen willst, must du mit dem selben Verfahren auch alle weiteren Dateien von iCloud Drive lokal sichern.