Leider verstehe ich diesen Post nicht so ganz.
Du schreibst "Wenn ich Fotos aus der Mediathek in einen Ordner kopiere ..."
Meinst du mit Ordner einen Ordner den du innerhalb von der Fotos App erzeugst oder meinst du die Ordner die du mit dem Finder erzeugst?
Wenn du ein Foto innerhalb von Fotos App in einen Ordner verschiebst wird nur ein Link erzeugt, die eigentliche Datei gibt es aber nur einmal und dein benötigter Speicher ändert sich nicht. Wenn du willst kannst du ein Foto in mehreren Ordnern / Alben haben.
Alle Fotos sind in der Mediathek, die Ordner / Alben sind nur Hilfsmittel zum organisieren und zusammenfassen von Fotos.
Wenn du aber ein Foto in einen Ordner (erzeugt mit Finder) auf deinem Rechner kopierst machst du einen Export aus der Fotos App, dann gibt es dieses Foto zweimal.
Wie lädst du aktuell deine Fotos vom MacBook auf das iPhone?
Verwendest du iCloud mit deinem iPhone & MacBook?
Wenn ja gibt es eine einfache Möglichkeit wie du auf dem iPhone Platz sparen kannst.