Kannst du uns bitte noch angeben, welche Systemversion du verwendest und wo die verknüpften Originale liegen? Sind sie auf einem externen Laufwerk?
Hast du getestet, ob die betroffenen Bilder immer noch verknüpft sind?
Starte den Mac mal neu, um Fotos zu zwingen, alle letzten Änderungen in der Mediathek zu sichern. Dann lege ein intelligentes Album an, (Ablage > Neues Intelligentes Album. Setze die Regel auf "Foto ist Verknüpft"). Erschienen die Fotos, die sich nicht zusammenlegen lassen, in diesem intelligenten Album?
Kann Fotos die Originale finden, wenn du eins der verknüpften Fotos mit "Ablage > Exportiren Unbearbeitetes Original exportieren" auf den Schreibtisch exportieren lässt?
Seit der Aktualisierung auf macOS 11 Big Sur hatte ich immer wieder Probleme, dass Fotos gelegentlich die Darstellung in Fotos nicht aktualisiert hat, wenn ich verknüpfte Daten zusammenlegen wollte. Auf den Miniaturen erschien immer noch der Pfeil. der sie als verknüpft angezeigt hat, aber sie waren schon zusammengelegt. Und einzelne Dateien lassen sich gar nicht mehr zusammenlegen, wenn die Originale mal in einen anderen Ordner verschoben worden waren. Sie liessen sich am neuen Ort auch nicht mehr neu verknüpfen. Dann hat nur noch geholfen, die Originale erneut zu importieren und die bisherige Version in Fotos zu löschen, nachdem ich die Anpassungen und Metadaten auf die neu importierte Version kopiert habe.
Seit Big Sur habe ich völlig aufgegeben, überhaupt noch verknüpfte Dateien zu verwenden.