Hola marnu,
Cabe la posibilidad de que el problema se deba a un cambio en el estilo de las notificaciones, puedes revisar como esta configurado para la App Store desde Configuración > Notificaciones > App Store, allí veras la opción de Globos en los íconos. En cuanto a la notificación sobre una actualización de iOS, en ocasiones esta puede demorar en aparecer, en mi caso, cuando se anuncia que hay una actualización disponible lo compruebo al poco tiempo desde la sección de General, aunque si llego a demorar unos días en hacerlo, me aparece entonces la notificación encima del icono de la app Configuración.
Comprueba también lo que menciona nuestro compañero rafa egiatik, acerca de las actualizaciones en segundo plano, en Configuración > General > Actualización en 2o. plano. También puedes probar con activar o desactivar las actualizaciones automáticas de las apps y actualizaciones desde Configuración > iTunes y App Store.
Saludos.