Hola josedesetmenat!!
Pues sí, el iPhone usa los mismos micrófonos y altavoces en cualquier llamada, así que, si funcionan bien las llamadas por WhatsApp, debería funcionar bien con las llamadas normales. Quizás sea algún tipo de problema de software.
¿Como vas actualizando tu iPhone, desde el propio iPhone o con iTunes en un ordenador?. Si lo actualizas desde el propio iPhone, restáuralo con iTunes.
Primero haz una copia de seguridad, para tener tus datos guardados: Cómo hacer una copia de seguridad del iPhone, iPad ... - Apple Support
En esta web de Apple tienes los detalles de cómo restaurar el iPhone: Restaurar tu iPhone, iPad o iPod a los ajustes de fábrica - Soporte técnico de Apple
Después le puedes restaurar la copia de seguridad, siguiendo los pasos de esta otra web oficial: Restaurar el iPhone, iPad o iPod touch desde una copia de seguridad ...
Prueba y nos cuentas.
Saludos!!