Hola caarloncha!!
Este efecto de duplicarse fotos en el iPhone es porque tienes activada la Fototeca en el iPhone y además sincronizas fotos de iTunes al iPhone. Por eso se duplican fotos. O se tiene la Fototeca activada o se sincronizan fotos con iTunes, pero las dos cosas no.
Ahora que tienes esas fotos sincronizadas, en el iPhone no las puedes borrar, porque las fotos sincronizadas con iTunes solo se pueden gestionar con iTunes. Así que debes volver a sincronizar el iPhone con iTunes pero desmarcando las fotos. Después, en el iPhone, vuelves a activar la Fototeca si es que se había desactivado. ¿O lo habías desactivado tú y habías seleccionado la opción de conservar originales en el iPhone?.
Saludos!!