Hola Oliverino!!
Echa un vistazo a esta web de Apple: Sincronizar el iPhone, iPad o iPod touch con iTunes en el ordenador por USB - Soporte técnico de Apple. Están las instrucciones de como sincronizar contenido de iTunes al iPhone.
Para las apps, conecta tu iPhone a iTunes, selecciona Aplicaciones en la columna de la izquierda, y en la columna central puedes activar o desactivar las apps que quieres sincronizar al iPhone.
Prueba y nos cuentas.
Saludos!!