Hola Carmennoga86!!
Si las fotos que tienes en WhatsApp ya las tienes guardadas en el carrete, si las borras de WhatsApp no se borran del carrete. Es más, es mejor que las borres de una de las dos ubicaciones, ya que si las mantienes en ambos sitios, están repetidas y te ocupan el doble de espacio en el iPhone. Bórralas de donde más te interese, que en el otro lugar se mantienen.
Saludos!!