Hola Pablotdf
La información de iCloud con lo que incluye esta guardada en la nube, al formatear pierdes lo que tengas en tu Mac pero la información seguirá en tu iCloud.
Aquí tienes mas información sobre ello.
https://www.apple.com/es/icloud/icloud-drive/
Configurar iCloud Drive - Soporte técnico de Apple
Yo de todas formas siempre recomiendo una copia de seguridad para poder asegurar mis datos ya sea de Time Machine, Disco Duro Externo o Clonado del disco entero.