Con la llegada de Mac OS High Sierra, si el dispositivo ya dispone de un mapa de particiones GUID, la posibilidad de hacer cambios en la tabla de particiones si que aparece disponible, como ya veo que sabes por lo que has escrito.
Pero si tu dispositivo tiene un mapa de particiones MBR, aunque Utilidad de Discos lo borre y formatee con Mac OS Plus con Registro, el mapa de particiones no cambia y sigue siendo MBR y no te da la opción. La única solución, de momento, es utilizar el Terminal.
Necesitarás varios comandos
Uno para listar discos: diskutil list
Otro para formatear el disco como HFS+ y mapa de particiones GUID: diskutil eraseDisk JHFS+ “NOMBREDISCO” GPT disk2
Y aún hay un tercero para encriptarlo sin salir del terminal (aunque ya formateado, podrás hacerlo saliendo del terminal, con Utilidad de discos): diskutil cs convert disk2s2 -passphrase
Te dejo aqui la página donde yo aprendí a hacerlo cuando me encontré con el mismo problema para que lo hagas paso a paso.
Espero que te ayude a ti tambien
http://macwinuxuarios.blogspot.com.es/2017/10/como-encriptar-un-pendrive-en-maco s.html
Un saludo