Hola Vickynocampo!!
Entiendo que te refieres a los favoritos de Safari en un iPad. Si es así, lo ideal es que se sincronicen los favoritos con iCloud y los puedas tener en todos tus dispositivos. Aún teniendo un solo dispositivo, sigue siendo ideal que los favoritos se sincronicen con iCloud para que aparezcan en un nuevo dispositivo que tengas.
La opción de sincronizar Safari con iCloud está en los Ajustes del dispositivo, tu ID, iCloud, Safari.
Pero quizás algo se ha quedado atascado en iCloud y por eso observas el comportamiento que describes, que desaparecen algunos favoritos y aparecen otros.
Prueba de apagar el iPad y volverlo a encender pasados una par de minutos.
Asegúrate de recordar el código de desbloqueo del dispositivo y el código PIM de tu tarjeta SIM, si el dispositivo es celular. El dispositivo te los pedirá cuando se reinicie.
Si sigue fallando, hazle un reinicio forzado: mantén pulsados los botones de activación/reposo y el botón de inicio durante al menos diez segundos, hasta que veas el logotipo de Apple.
Si sigue fallando, restáuralo con iTunes en un ordenador.
Usa un cable original que esté en buen estado para conectar el dispositivo a iTunes.
Verifica que tienes actualizado tanto el ordenador que uses como iTunes y, si usas un PC, cierra todos los programas y desactiva el antivirus mientras trabajes con el dispositivo conectado. No te olvides de volverlo a activar una vez que acabes de gestionar el dispositivo.
Primero haz una copia de seguridad, para tener tus datos guardados: Cómo hacer una copia de seguridad del iPhone, iPad ... - Apple Support
En esta web de Apple tienes los detalles de cómo restaurar un dispositivo iOS: Restaurar tu iPhone, iPad o iPod a los ajustes de fábrica - Soporte técnico de Apple
Después le puedes restaurar la copia de seguridad, siguiendo los pasos de esta otra web oficial: Restaurar el iPhone, iPad o iPod touch desde una copia de seguridad ...
Prueba y nos cuentas.
Saludos!!